Fawzi Barhoum dijo que el desacuerdo es uno de los que impide la formación de un nuevo gobierno de unidad nacional entre Hamas y Fatá.
Egipto, que media las negociaciones iniciadas esta semana en El Cairo entre las facciones palestinas, dijo que el nuevo gobierno palestino debería aceptar los acuerdos de paz anteriormente firmados con Israel y el presidente palestino Mahmud Abbas.
Ello incluiría el derecho de Israel a existir, que rechaza Hamas.
"No somos parte de esos acuerdos, y por lo tanto, nadie puede esperar que los respaldemos", dijo Barhoum a The Associated Press en la capital egipcia.
Egipto estableció de plazo gasta el sábado para que las facciones lleguen a un acuerdo y espera firmar el tratado a fines de marzo.
Varios negociadores que participaron en las conversaciones dijeron que el director del servicio de espionaje egipcio, Omar Suleiman, se reunirá el jueves con los delegados para intentar reconciliar sus diferencias. Los informantes hablaron a condición de guardar el anonimato por no estar autorizados a dialogar con la prensa.
Agregaron que Hamas y Fatá siguen distanciadas en otros temas, como la fecha para las elecciones legislativas y de la nueva presidencia en todos los territorios palestinos.
"El tiempo no es una espada que pende sobre nuestras cabezas. Lo que es importante es cómo lograrlo", dijo Barhoum.
Las diferencias palestinas empeoraron después que Hamas conquistó la Franja de Gaza por la fuerza en el 2007. Cisjordania pasó a ser controlada por Fatá.
Los acuerdo anteriores fracasaron debido a la desconfianza aunque esta vez ambas partes parecen contar con sólidos incentivos para llegar a un pacto.