El sitio habría sido un lugar de encuentro del grupo militante Hamas.
El edificio de tres pisos estaba vacío cuando las aeronaves lanzaron misiles, pero al menos cinco palestinos resultaron heridos por fragmentos expulsados durante las explosiones.
En medio del caos, un hombre que era juzgado en un tribunal de las inmediaciones por su presunta colaboración con Israel en la eliminación de cinco militantes fue asesinado por parientes de estos últimos, dijo un juez.
La ofensiva en Qarara fue la primera operación aérea en una zona palestina en varias semanas.
El edificio solía ser el hogar de un militante de Hamas, Ahmed Abdel Wahab, quien murió hace cinco meses durante un fallido ataque contra un asentamiento judío, según el periódico israelí Haaretz.
El diario agregó que el tío del Wahab es también activista de Hamas y buscado por Israel.
«Un laboratorio»
En un comunicado, el ejército israelí afirmó que el edificio era un laboratorio donde se elaboraban bombas utilizadas recientemente contra sus tropas en Gaza.
Agregó que también era un lugar de encuentro para miembros de Hamas.
La operación pudo haber sido, además, en represalia por los ataques palestinos con mortero contra el asentamiento Kfar Darom durante la noche, según la agencia de noticias Associated Press. Nadie resultó herido en este hecho.