El año 1967 comenzó con confiadas predicciones de que no traería una guerra. Nasser, se sostenía en Israel, había aprendido la lección de 1956 y no iniciaría una guerra a menos de estar preparado. De todas formas, sus relaciones con Jordania eran notoriamente malas, y una coalición entre Nasser y el rey Hussein no venía en consideración. En una rápida sucesión, los acontecimientos desmintieron dichas presunciones. En un combate aéreo en el que Siria – el más cercano aliado de Rusia en el Medio Oriente perdió 13 aviones, fue la señal de apertura. Como resultado del aguijoneo soviético, Nasser movilizó y envió 100.000 soldados al Sinaí. Exigió al Secretario General de las Naciones Unidas la inmediata retirada de la UNEF y – probablemente para su propia sorpresa, tuvo éxito de inmediato y los «bomberos» partieron. Entonces Nasser anunció el cierre de los Estrechos de Tirán para la navegación israelí – un claro casus belli. Concluyó mofándose de Itzjak Rabín, el jefe del Estado Mayor israelí: «Déjenlo venir, lo estoy esperando».
Entretanto, logró alcanzar una estrecha coordinación con el ejército sirio. El rey Hussein, en un abrupto vuelco, viajó a Egipto y firmó un acuerdo poniendo sus fuerzas bajo el comando global egipcio. Esto le costaría la mitad de su reino.
Israel, con sus reservas totalmente movilizadas, sus nervios tensos al máximo, esperó durante tres largas semanas. La situación parecía ser el reverso de 1956; Israel estaba solo, frente a una poderosa coalición árabe. Las Grandes Potencias, a pesar de las vagas promesas, no hicieron nada por la reapertura los Estrechos, e Israel decidió hacerlo por sí mismo.
El 5 de junio de 1967, un grupo de aviones que volaban de Egipto a Israel fueron vistos en las pantallas de los radares del rey Hussein. Convencido por los egipcios de que los aparatos eran suyos, dio la orden de atacar – en Jerusalem!. De hecho los aviones eran israelíes, que regresaban de un devastador ataque contra la fuerza aérea egipcia, que aunque parezca asombroso había sido tomada por sorpresa; después de mofarse de Rabín, Egipto no estaba preparado cuando éste llegó.
En el breve lapso de seis días, las FDI ocuparon toda la península del Sinaí, hasta el Canal de Suez, capturaron toda la Margen Occidental del río Jordán; y en lo últimos días, sin la ventaja de la sorpresa, capturaron una gran parte de las Alturas del Golán, incluyendo el dominante Monte Hermón – desde entonces en adelante «los ojos y oídos de Israel». El evento culminante fue la captura de la Ciudad Vieja de Jerusalem y el reencuentro con el lugar más reverenciado por los judíos, el Muro Occidental (de los Lamentos). El sonido del shofar en el Muro Occidental reverberó por todo el mundo.
776 soldados israelíes cayeron en la Guerra de los Seis Días.
Si bien todas las ramas del ejército actuaron bien, la Fuerza Aérea, por primera vez, jugó un papel decisivo, al despejar el cielo desde un comienzo hizo posible todo lo que siguió después. Esta fue la Guerra de la Fuerza Aérea.
Los esfuerzos diplomáticos por llevar a su término el conflicto de 40 años, anterior en más de dos décadas al establecimiento de Israel, no llevaron a nada. En noviembre de 1967, después de meses de deliberaciones, el Consejo de Seguridad adoptó unánimemente la Resolución 242, llamando a la paz y el reconocimiento del «derecho de toda nación a vivir libre de amenazas dentro de fronteras seguras y reconocidas», a cambio de la retirada israelí «de territorios», no «todos los territorios» ni «los territorios capturados en las recientes hostilidades». No obstante, la Liga Arabe, en su sesión en Sudán (1967) adoptó una resolución diferente, los «Tres No» de Khartum: No paz, No negociaciones, No reconocimiento de Israel.