Al no recibir respuesta, rociaron la nave de agua y luego lanzaron dos disparos de advertencia, para que el barco regresara a aguas palestinas, señaló el vocero israelí.
Fue entonces que el barco pesquero explotó, aparentemente provocando la muerte de sus dos tripulantes.
El portavoz del ejército israelí aseguró no recordar un ataque similar contra un buque naval de su país.
No ha habido declaraciones por parte de funcionarios palestinos sobre el incidente.
La corresponsal de la BBC en Medio Oriente, Barbara Plett, afirmó que es posible que el barco que estalló haya estado contrabandeando armas.
La marina israelí impone fuertes restricciones a los pescadores palestinos en la Franja de Gaza, por temor a ataques.