El documento comienza afirmando la raíz común del cristianismo y el judaísmo («el pueblo del Nuevo Testamento está espiritualmente unido con la raza de Abraham») y a continuación pone fin al antijudaísmo cristiano cuando afirma que la elección de Israel por Dios no ha caducado («los judíos son todavía muy amados por Dios a causa de sus padres, porque Dios no se arrepiente de sus dones y de su vocación»), por lo que rechaza que los judíos sean señalados «como réprobos y malditos».
A su vez refuta la acusación de deicidio contra los judíos, base fundamental del antijudaísmo cristiano, al afirmar que la muerte de Jesús «no puede ser imputada ni indistintamente a todos los judíos que entonces vivían, ni a los judíos de hoy [… dado que] Cristo, como siempre lo ha profesado y profesa la Iglesia, abrazó voluntariamente y movido por inmensa caridad, su pasión y muerte».
Consecuentemente, la Declaración Nostra Aetate involucra ya a partir de 1965 una actitud completamente innovadora por parte de la Iglesia: “Como es tan grande el patrimonio espiritual común a cristianos y judíos, este Sagrado Concilio quiere fomentar y recomendar el mutuo conocimiento y aprecio entre ellos, que se consigue sobre todo por medio de los estudios bíblicos y teológicos y con el diálogo fraterno.”
Desde su promulgación por Pablo VI, Nostra Aetate ha servido de guía a las relaciones de la Iglesia católica con las religiones no cristianas, y sobre todo para el acercamiento entre el cristianismo y el judaísmo. El papa Juan Pablo II profundizó aún más en la relación de la Iglesia para con el judaísmo a través de su visita al campo de exterminio de Auschwitz en 1979, al que calificó de «nuevo Gólgota del mundo contemporáneo»; asistió además a la sinagoga de Roma en 1986; se establecieron relaciones diplomáticas con Israel y se emitió una petición pública de perdón por la intolerancia sostenida en nombre de Cristo.