La medida se tomó después de llegar a un acuerdo para que los militantes entregaran los restos humanos de seis soldados israelíes muertos cuando su vehículo explotó el martes.
BBC.-Fuentes militares en Israel confirmaron haber recibido los restos, una de las condiciones para el retiro.
Sin embargo, la violencia continuó durante la noche en la sureña ciudad de Rafah, en la Franja de Gaza.
Testigos afirman que siete palestinos murieron en un ataque aéreo israelí contra un campamento de refugiados en Rafah.
El ejército israelí dice que los muertos incluyen un grupo de personas que se preparaba para plantar artefactos explosivos.
Anterior a este ataque, por lo menos 14 palestinos murieron y más de 170 resultaron heridos desde el comienzo de la incursión israelí el martes en la mañana.
Israel efectuó el ataque aéreo unas horas después de que una bomba fuera detonada contra un vehículo blindado israelí, cerca de Rafah, que dejó cinco soldados muertos.
De acuerdo a la prensa israelí, el vehículo de transporte fue impactado por una gran explosión mientras se desplazaba en campo abierto entre el campamento de refugiados y la frontera egipcia.
El vehículo estaba cargado con explosivos que se utilizan para destruir túneles y formaba parte de un convoy en la carretera fronteriza.
La explosión fue tan poderosa que los cuerpos de los soldados se esparcieron por una extensa zona.
Fuentes militares afirman que tanques y tropas incursionaron en el campamento para recuperar los restos de los soldados.
La militante Jihad Islámica se atribuyó el ataque.
Israel no se retiró hasta recibir los restos de sus soldados muertos.
Durante el miércoles, tropas israelíes demolieron edificios y casas en el populoso barrio de Zeitoun, apoyados por helicópteros y francotiradores.
Embarcaciones artilladas dispararon desde la costa sobre una zona cercana al antiguo complejo del líder palestino Yasser Arafat.
Sin embargo, al caer la noche los tanques israelíes iniciaron la retirada.
Ambulancias entraron a encargarse de las personas que se habían refugiado en sus casas durante los últimos días.
Los ataques constituyen el peor golpe recibido por el ejército israelí desde noviembre del 2002, cuando nueve soldados y tres colonos fueron muertos por hombres armados en la ciudad cisjordana de Hebrón.