El hallazgo se produjo en unas excavaciones realizadas en la localidad de Migdal, situada en la Galilea (norte del país) y fueron conducidas por la Autoridad de Antigüedades de Israel en un lugar donde se proyectaba la construcción de un hotel. La sinagoga, cuya construcción se estima entre el año 50 aE.C y el 100 d.EC, tiene en su centro una piedra cuadrangular adornada en sus cuatro costados por alto-relieves, en uno de los cuales se puede apreciar una "menorá", el típico candelabro judío de siete brazos, "como nunca antes se vio", según los arqueólogos.
La población de Migdal, donde se encuentra la sinagoga recién descubierta, desempeñó según fuentes judías un importante papel en la época de la Gran Revuelta judía y fue la sede de operaciones de Yosef Ben Matatiyahu (Flavio Josefo), comandante de la rebelión en la Galilea y conocido historiador judeo-romano del siglo I. También figura en el Nuevo Testamento, por ser la población (Magdala, en arameo) de donde era oriunda María Magdalena.